Direct na het einde van het vorige boek stormt Stump Smash gefrustreerd door de Eternal Archives vanwege de nijpende situatie waarin de Skylanders zich bevinden, waarbij Squirmgrub niet alleen Master Eon ontvoert , maar ook het Book of Power steelt dat ze gebruikten om de fragmenten van het Mask of Power te vinden en de fragmenten die de Skylanders tot nu toe hadden verzameld. De Skylanders doen hun best om ze te vinden, maar het duurt veel langer dan normaal omdat ze geen portalen kunnen gebruiken. Terwijl ze proberen uit te vinden wat ze moeten doen, komen Flameslinger en Hugo binnen om de helden te informeren dat het Giggling Forest plotseling is begonnen te huilen, wat hun aandacht trekt.
Stump Smash en Flameslinger worden samen met Countdown en Wrecking Ball op onderzoek uitgestuurd en bij aankomst horen ze van de huilende bomen dat er meerdere van henzelf versteend zijn, samen met de groep houthakkers die ze probeerden om te hakken. Tijdens het onderzoek horen ze iemand om hulp roepen en volgen de stem om Glumshanks te vinden , wiens benen in steen waren veranderd. De Skylanders ruiken een kans en lokken Glumshanks om terug te komen naar de Eternal Archives en hen te vertellen waar Master Eon is door te beweren dat hij de versteening ongedaan kan maken, en Glumshanks vertelt het verhaal. Kaos was bij het Giggling Forest aangekomen om het Life Segment van het Mask of Power te vinden en had alle bomen in het bos omgehakt om het te vinden (en omdat hij bomen haat). Zijn trollentroepen gebruikten een gigantische bom om de bomen weg te blazen, maar wekten daarbij het ding dat alles versteende uit zijn slaap.
Voordat Glumshanks verder kan, duikt een enorme draak van bot op en valt de Skylanders aan, en verandert Flameslingers boog in steen – en onthult zichzelf daarbij als de schuldige achter de versteningsincidenten. Glumshanks onthult dat deze draak eigenlijk het Levenssegment van het Masker is, maar Kaos vluchtte voordat hij het kon claimen en liet Glumshanks achter. Nu het verhaal is verteld en de draak klaar is om aan te vallen, proberen de Skylanders hem af te weren door hem op te blazen met Countdowns hoofd, maar hij hervormt zich alleen en gaat weer in de aanval. Dus leidt Flameslinger hem af terwijl de andere Skylanders Glumshanks terugbrengen naar Flynns ballon, en snel ontsnappen – maar de draak versteent Flynns ballon voordat ze kunnen terugkeren, waardoor Countdown een SOS moet sturen.
Terug in de Eternal Archives identificeert Hugo het beest als een Bone Dragon, een soort draak die eeuwen geleden is uitgestorven, en dat stoom uit de neusgaten van het wezen de verstening ongedaan kan maken. Ze debatteren eerst over of ze de Bone Dragon moeten opsporen of Master Eon moeten vinden, maar ze besluiten dat ze beide kunnen doen, aangezien Kaos Master Eon in zijn greep heeft en Glumshanks onder druk probeert te zetten om hen te vertellen waar Kaos is. Hoewel hij in eerste instantie weigert toe te geven, misleidt Spyro Glumshanks om te onthullen dat Kaos zich momenteel in het Troll Bastion bevindt, en stuurt vervolgens Stump Smash, Wrecking Ball en Countdown om het Bastion te bestormen en Master Eon te redden, terwijl Spyro, Flameslinger en de rest van de Skylanders de Bone Dragon confronteren.
Ze proberen eerst een frontale aanval, maar het Bastion is te goed bewapend om te werken, dus doen ze alsof ze zich terugtrekken en sluipen Countdown’s hoofd het Troll Bastion binnen door hem te laten doen alsof hij een gewone bom is. Countdown blaast het Troll Bastion van binnenuit op en de Skylanders stormen naar binnen en beginnen te zoeken naar Master Eon. Midden in hun hinderlaag worden de Skylanders geconfronteerd met General Disaster , die probeert Wrecking Ball met zijn artillerie aan flarden te schieten, maar Wrecking Ball eet het gewoon allemaal op en geeft Stump Smash en Countdown genoeg tijd om te ontdekken dat Kaos, het Book of Power en Master Eon allemaal in steen zijn veranderd. Ondanks de versteendheid weet het boek echter een afbeelding te maken van de Bone Dragon die terugkeert naar het Giggling Forest en maakt een kaart.
De Skylanders vluchten uit het Troll Bastion en gaan terug om de Bone Dragon te confronteren, die erin geslaagd is om bijna alle Skylanders die ertegen vochten in steen te veranderen. Stump Smash, Countdown, Wrecking Ball en Flameslinger trekken de aandacht van de Bone Dragon en beginnen hem vervolgens sneller aan te vallen dan hij kan hervormen en dwingen de Bone Dragon om een noodlanding te maken. Nu ze de overhand hebben, eisen de Skylanders dat de Bone Dragon de verstening ongedaan maakt en de Bone Dragon stemt toe op voorwaarde dat hij weer mag gaan slapen. Iedereen is weer normaal, maar voordat ze kunnen vieren, wordt Kaos weer tot leven gewekt en onthult dat dit allemaal deel uitmaakte van zijn plan om de Skylanders de Bone Dragon voor hem te laten vangen zodat hij het Life Fragment kan krijgen, en gebruikt een kracht verslindende spreuk om de Skylanders uit te schakelen terwijl hij het fragment steelt.
Maar net voordat hij dat kan, komt Master Eon tussenbeide, stopt Kaos en haalt het Book of Power op. Dan onthult Master Eon dat het Life Segment niet de Bone Dragon is, maar het stenen hart dat het als geluksbrenger bewaarde. Een explosie van Countdown begraaft de Bone Dragon en Master Eon besluit het Book of Power terug te brengen naar de citadel om het veilig te bewaren. Terwijl de anderen feestvieren, mijmert Master Eon bezorgd over Kaos’ beweringen dat het niet lang zal duren voordat hij het volgende segment van het Mask krijgt.