Deze release van Super Mario Bros. 2 is compleet anders dan zijn originele Japanse tegenhanger, die oorspronkelijk uit het Westen komt en in feite een versie is van Yume Kōjō: Dokidoki Panic met een andere verhaallijn en protagonisten die zijn verwisseld voor Mario en zijn vrienden.
Op een nacht heeft Mario een vreemde droom, waarin hij een deur opent naar een andere wereld vol met nog vreemdere wezens en landen dan die in zijn laatste avontuur tegen Bowser. Verbazingwekkend genoeg stuiten Mario, Luigi, Toad en de prinses de volgende dag op een grot, die leidt naar de wereld die in Mario’s droom was.
Subcon, het land van dromen, staat onder een kwade spreuk dankzij Wart, dus Mario en de bende moeten de dag redden. Nieuwe wezens om te verslaan en tal van nare verrassingen wachten.
Kies uit de vier personages, elk verschillend in snelheid en springvermogen, en ga door 7 levels die elk gevuld zijn met puzzels, bazen, bonusmunten, de altijd behulpzame paddenstoel en onoverwinnelijke ster, plus bommen en magische drankjes. Na elk level kun je, afhankelijk van de hoeveelheid munten die je verzamelt, deze in het bonusspel gebruiken om extra levens te verzamelen.