Het zou gewoon een sociaal bezoek worden. De Prins van Perzië wilde alleen maar “hoi” zeggen tegen zijn oudere broer, Prins Malik, die de huidige heerser van het koninkrijk is. Bij aankomst komt hij er echter achter dat hij niet de enige bezoeker is: het hele leger van Osman staat voor de deur van het kasteel en Maliks leger kan het fort niet veel langer volhouden. De Prins weet zijn weg naar het kasteel te vinden en ontmoet Malik in de schatkamer. Maar het is al te laat. De Osmanen zijn doorgebroken en het einde lijkt nabij. In zijn wanhoop wendt Malik zich tot de verzegelde poort in de schatkamer en spreekt de magische woorden. Slecht idee. De poort was om een reden verzegeld, waardoor een macht gevangen werd gehouden die niet opgewassen is tegen welk leger ter wereld dan ook. Er gaan geruchten dat het de ridders van Koning Salomon zelf waren, ze lopen nog een keer over de aarde, bestormen het kasteel en vallen zowel vrienden als vijanden aan. Na zijn ontsnapping dwaalt de Prins af naar het rijk van Razia, Koningin van de Djinn. Ze herinnert zich de creatie van het Zandleger en weet hoe ze het op afstand kan houden. Dus de Prins bundelt haar krachten en probeert een manier te vinden om het leger te verslaan en te voorkomen dat het Koninkrijk door het zand wordt opgeslokt.
Met Prince of Persia: The Forgotten Sands keert de serie qua grafische stijl – weer meer down-to-earth – terug naar het verhaal en de gameplay die bekend zijn van de Sands of Time-trilogie na het korte vertrek met het cel-shaded-avontuur Prince of Persia. Als zodanig speelt het verhaal zich af tussen de gebeurtenissen in Prince of Persia: The Sands of Time en Prince of Persia: Warrior Within, waarbij enkele gaten worden opgevuld terwijl de speler de Prins over de schouder bekijkt en hem door de levels manoeuvreert. Qua gameplay betekent dit dat de speler opnieuw meerdere vijanden tegelijk bevecht en ook weer springt, klimt en rond rolt in grote en uitgestrekte kamers om aan de andere kant te komen. Om dit te kunnen doen, weet de Prins nog steeds hoe hij op muren moet lopen, aan rails moet slingeren of door vlaggen heen moet scheuren om veilig terug te keren naar de grond. Als er iets misgaat, kan de speler altijd de Kracht van Tijd gebruiken om een beetje terug te spoelen en het opnieuw te proberen, zolang hij nog genoeg zand over heeft, dat op zijn beurt wordt gedropt door gedode vijanden en door het vernietigen van landschapsobjecten (meestal vazen).
Om met de hordes en hordes van verschillende vijanden om te gaan – waarvan de meesten ondood zijn – heeft de speler toegang tot verschillende soorten meer of minder gevaarlijke aanvallen die hij kan samenvoegen tot krachtige combo’s. Dit omvat schoppen en rondspringen, evenals een doodsaanval die vijanden die op de grond zijn gevallen onmiddellijk doodt. Daarnaast krijgt de speler toegang tot speciale krachten. Terwijl hij de essentie van gevallen vijanden verzamelt, verdient hij ervaringspunten voor het doen hiervan, stijgt hij in level en krijgt hij upgradepunten die op hun beurt worden geïnvesteerd in een vaardigheidsboom om nieuwe of bestaande krachten te ontgrendelen of te upgraden. Naast de kracht om de tijd terug te spoelen, is de Prins in staat om water te bevriezen, vernietigde delen van de stad te herbouwen of zichzelf te verzwelgen in een pantser van steen. Elk van deze krachten is actief totdat de energiebalk van de Prins op nul staat. Opnieuw is het doden van vijanden de sleutel om deze aan te vullen.