Yoshi’s Story is losjes gebaseerd op de Super Famicom/SNES-game Super Mario World 2: Yoshi’s Island en volgt de avonturen van zes Yoshi’s terwijl ze door zonnige bossen, donkere grotten, torenhoge bergen, stomende jungles, uitgestrekte oceanen en sombere kastelen zoeken naar de Super Happy Tree, die is gestolen door de gevreesde Baby Bowser. Yoshi kan lopen, rennen, zwemmen, springen, fladderen en zijn lading eieren afvuren. De actie vindt plaats in sprookjesboekpagina’s die zijn gemaakt van boekbindmaterialen en andere bekende texturen, waaronder bossen van gesneden papier, wolken van spijkerstof, opblaasbare plastic eilanden en stapels gekleurde spoelen.
De game is een pionier in het gebruik van de Rumble Pak als een belangrijk element van de gameplay-ervaring, waarbij de speler onzichtbare maar verraderlijke stromingen kan voelen wanneer Yoshi door de diepten van de oceaan zwemt. De Rumble Pak kan de speler ook helpen verborgen fruit of andere objecten te vinden door te rommelen wanneer Yoshi iets ruikt. Met een lichte aanraking van de Control Stick kun je zweven op een blad, op een vriendelijke draak rijden en op je tenen langs een zwerm boze bijen sluipen.