Als Todd Snap, een beginnend Pokémon-fotograaf, moet je door verschillende omgevingen reizen om zoveel mogelijk Pokémon te fotograferen. Met de hulp van Professor Oak ontdek je nieuwe plekken om Pokémon te fotograferen, variërend van een vulkaan die Vuur-Pokémon huisvest tot een jungle die Gras-Pokémon huisvest. De game bevat 63 van de originele 151 Pokémon, waaronder favorieten zoals Pikachu en Charizard.
Tijdens je reis als Pokémon-fotograaf krijg je nieuwe items van Professor Oak om een foto te maken van die Pokémon waarvan je de aandacht maar niet kunt trekken. In het begin heb je alleen een appel, maar door geweldige foto’s te maken van verschillende soorten krijg je toegang tot items zoals een Pester Ball of een Poké Flute. De gameplay is vergelijkbaar met die van een rail-shooter, waarin je over een lineaire route beweegt en alleen rond kunt kijken om foto’s te maken. Aan het einde van elke route krijg je een score van Oak, afhankelijk van zaken als de positie van de Pokémon in de frameshot, de grootte van de Pokémon in de afbeelding of hoeveel van die Pokémon samen in de shot staan. Er kunnen maximaal 60 foto’s worden gemaakt tijdens elke cursus en je kiest welke je naar Oak stuurt. Alle foto’s die je maakt, zijn later toegankelijk in je eigen Pokémon-album. De game bevat zes verschillende cursussen, maar een zevende kan worden ontgrendeld door een foto te maken van een mysterieus Pokémon-teken in elk van de andere cursussen. De zevende cursus, bekend als Rainbow Cloud, biedt de enige mogelijkheid om een foto te maken van de zeldzame en ongrijpbare psychische Pokémon, Mew.
Toen het spel werd uitgebracht voor Virtual Console op de Wii, werden er een paar wijzigingen in het spel aangebracht. Ten eerste werd de huidskleur van Jynx veranderd van zwart naar paars om bij het huidige ontwerp te passen en de controverse te vermijden die het oorspronkelijke ontwerp had veroorzaakt vanwege de gelijkenis met de blackface-karikatuur. Ten tweede, om de functionaliteit van de Pokémon Snap Stations in de winkels na te bootsen, waar spelers hun cartridges kunnen meenemen en hun foto’s kunnen afdrukken, werd een functie toegevoegd waarmee spelers elke dag één foto naar het Wii-prikbord kunnen uploaden om te delen met mensen in hun vriendenlijst.