Het Paddenstoelenrijk wordt getroffen door een vreselijke ziekte die bekendstaat als ‘The Blorbs’! Prinses Toadstool roept een vergadering bijeen om te bespreken welke maatregelen er moeten worden genomen om haar burgers te redden, en natuurlijk zijn Mario en Luigi aanwezig. Bowser verstoort de vergadering, maar wordt opnieuw verslagen. Nadat hij uit het kasteel is gezet, ontmoet hij een duister personage dat hem een mysterieuze paddenstoel aanbiedt waarvan hij belooft dat hij Mario voor eens en altijd zal verslaan. Bowser schrokt het naar binnen en begint plotseling alles op te zuigen wat hij ziet – inclusief alle burgers van het Paddenstoelenrijk en de beroemde broers zelf! Welke problemen zullen het koninkrijk als volgende treffen?
Mario & Luigi: Bowser’s Inside Story is het derde spel in de Mario & Luigi-serie. Spelers besturen Mario en Luigi tegelijkertijd in de side-scrolling platformomgeving van Bowsers lichaam, terwijl ze ook de Koopa King zelf besturen in de top-down wereld van het Paddenstoelenrijk. Net als in spellen als Earthbound worden vijandelijke ontmoetingen gezien als echte vijanden die spelers kunnen vermijden of proberen vroegtijdig aan te vallen. De daadwerkelijke gevechten zijn een combinatie van turn-based menu-aanvallen en getimede reacties op vijanden tijdens het gevecht. Door te kijken hoe een vijand reageert, kun je hun aanval anticiperen en deze vermijden of een tegenaanval uitvoeren.
Zoals bij de meeste RPG’s verdienen spelers ervaring om hun statistieken te verbeteren en sterker te worden in bepaalde attributen, zoals HP, kracht, verdediging, snelheid en…’staches of horns (die beide geluk opleveren voor de verschillende personages). Bij elk level omhoog kunnen spelers een specifieke stat selecteren om bonuspunten op toe te passen – maar als je bonuspunten blijft toepassen op dezelfde stat, is de kans kleiner dat je hoge bonuspunten krijgt naarmate je deze vaker toepast.