In Bee Movie, gebaseerd op de gelijknamige film van DreamWorks Animation, kruipen spelers in de rol van de bij Barry B. Benson. Deze bij komt er op een dag achter dat dieven de honing uit hun korf hebben gestolen en het is dan ook Benson zijn taak om de honing terug te vinden. Tijdens de vijftien missies vlieg je door New York waarbij je zo goed mogelijk objecten moet ontwijken en moet oppassen voor de mensen die jou willen uitschakelen. Later in de game krijg je ook de mogelijkheid om als mens te spelen, waarbij je achter de bijen aanzit met hulpmiddelen als een super camera en de Pollinator (een apparaat om bijen mee te vangen).
Terwijl je vliegt door New York kun je met beide personages verschillende minigames doen. Zo zijn er minigames waarbij je tegen het verkeer in moet vliegen, of over een tennisbaan waar je de tennisballen moet ontwijken. Later zul je ook verschillende voertuigen krijgen waarmee je je nog sneller kunt verplaatsen. Om bij deze hoge snelheden toch nog de gevaren te ontwijken kun je gebruik maken van Bee Vision wat je precies laat zien waar de veilige zones zijn en waar je je kunt verstoppen voor vijanden. Wordt het je te heet onder de voeten dan schakel je Stop Time in. Hiermee komt alles stil te staan, behalve jij, waardoor je alle tijd hebt om te ontsnappen. Dit is ook nodig om in sommige missies de zware regendruppels te ontwijken.
Naast de missies kun je het ook via de splitscreen modus opnemen tegen je vrienden waarbij je tegen elkaar kunt racen door de straten van New York. Heb je genoeg van het racen dan kun je ook een bezoekje brengen aan de Generation Hex Arcade, een plek waar je allerlei 16-bit acradegames kunt spelen waar je bijvoorbeeld een drukke straat veilig over moet stekken of de bijenkorf moet verdedigen tegen indringers.