De game voor Game Boy Advance, gebaseerd op het tweede Harry Potter-boek en de film, is net als zijn voorganger een actie-avonturenspel, dit keer met een isometrisch perspectief.
In Harry’s tweede jaar op Zweinstein gebeuren er slechte dingen. De oude Geheime Kamer is geopend en wat zich daarbinnen schuilhoudt, zijn aanvallende studenten. Om deze beproeving levend door te komen (en het plot te laten vorderen) moet Harry opnieuw verschillende uitdagingen voltooien. Deze bestaan voornamelijk uit het navigeren door grote doolhoven – het bestrijden van monsters, het oplossen van puzzels, het omzetten van schakelaars en het indrukken van knoppen om deuren te openen. Er zijn zes spreuken beschikbaar om te helpen. Omdat Harry vaak op plekken is waar hij niet zou moeten zijn, zijn stealth-sequenties ook een groot deel van de game. Om leraren en prefecten te ontwijken, kan hij langzaam rondsluipen en zich achter gordijnen verstoppen. Als hij wordt betrapt, wordt hij eruit gegooid (om het opnieuw te proberen) en kunnen er huispunten worden afgetrokken.
Net als in andere Potter-games zijn er veel verzamelobjecten, zowel in het zicht als in verborgen gebieden. Sets met Famous Wizard-kaarten ontgrendelen bonussen, Every Flavour Beans geven Harry wachtwoorden waarmee hij door shortcuts in de school kan bewegen en Chocolate Frogs verhogen zijn maximale uithoudingsvermogen.
Tot slot is Quidditch ook terug in dit spel, dit keer in driedimensionale ruimte, bekeken vanaf de achterkant.