Net als de vorige delen in de serie vertelt Harvest Moon het verhaal van een jonge boer die een boerderij moet bouwen en ontwikkelen, inclusief de gewassen en dieren. Daarnaast moet je ervoor zorgen dat de boerderij winst maakt om nieuwe items en landbouwapparatuur te kopen om de boerderij zo lang mogelijk draaiende te houden.
Andere taken wachten op je, zoals het leren van trucjes aan je trouwe hond, het bezoeken van het lokale dorp en het maken van vrienden. Terwijl je boerderij groeit, krijg je ook de kans om helpers te rekruteren om meer gedaan te krijgen op de boerderij, en verliefd te worden.