Mario vs. Donkey Kong 2: March of the Minis is een actie-/puzzelspel waarbij het doel is om zoveel mogelijk Mini-Mario’s naar de uitgang te brengen door de puzzel op te lossen. Alle puzzels zijn vrij klein en nemen tussen de één en vier schermen (2×2) in beslag. Alle Mini-Mario’s die in elke kamer worden verzameld, worden vervolgens gebruikt in het eindgevecht met de eindbaas van Donkey Kong aan het einde van de wereld. Alle bediening gebeurt met de stylus; er worden helemaal geen knoppen gebruikt.
Er is een level-editor in het spel waarmee spelers hun eigen levels kunnen maken en deze met elkaar kunnen delen via de lokale draadloze modus. Spelers kunnen hun gemaakte levels ook delen met hun vrienden van over de hele wereld met Nintendo Wi-Fi Connection.
Spelers die een klein voorproefje willen krijgen van wat ze missen, kunnen een demoversie van hun vrienden downloaden via DS Download Play.