Marvin the Martian heeft een plan bedacht om de aarde te vernietigen en heeft het ultieme wapen gebouwd om dat te doen. Dit wapen heeft energieatomen nodig om te functioneren, dus Marvin heeft zijn vijf volgelingen naar vijf verschillende werelden gestuurd om de energieatomen te verzamelen. Duck Dodgers, de dappere ruimteavonturier en de verdediger van de aarde, moet de atomen bereiken voordat Marvins handlangers dat doen, met de hulp van zijn side-kick Porky Pig.
Duck Dodgers is een 3D-platformgame gebaseerd op de tekenfilms van Warner Bros. met de titelheld in de hoofdrol. Dodgers reist naar verschillende planeten, die elk het thema van de bijbehorende Looney Tunes-baaspersonages weerspiegelen (bijvoorbeeld een planeet met een Arabian Nights-thema die wordt geregeerd door de kwaadaardige dictator Hassan). De gameplay is vergelijkbaar met Super Mario 64. Dodgers verkent driedimensionale levels, springt en dubbelspringt om obstakels te vermijden en hogere gebieden te bereiken, en verslaat vijanden door ze te slaan of met hun kont te stampen. Speciale items (zoals ACME-raketten of bokshandschoenen) kunnen worden opgepakt en gebruikt in gevechten. De speler doet ook mee aan verschillende minigames, waaronder een Pong-variant en een first-person shooter-sectie.