Star Wars: Shadows of the Empire speelt zich af tussen The Empire Strikes Back en Return of the Jedi en vertelt het verhaal van Prins Xizor’s missie om Darth Vader te vervangen als leider van de Sith, en de kansen van de Rebels op overwinning te vernietigen. De enige man die hem kan stoppen is de interstellaire premiejager Dash Rendar. De game is gebaseerd op de gelijknamige roman, met locaties zoals de ijsplaneet Hoth, Mos Eisley en de riolen van Imperial City, allemaal in volledig 3D.
Elk level heeft heel verschillende doelen, variërend van het besturen van snowspeeders op Hoth en het racen met speederfietsen op Tatooine tot het te voet neerschieten van stormtroopers en droids door het hele sterrenstelsel. Dash gebruikt voornamelijk een blaster met onbeperkte munitie, maar kan ook krachtigere wapens vinden met beperkte munitie. Elk level heeft optionele “challenge points” die overal in het level verborgen zijn, en als je ze allemaal vindt, ontgrendel je een cheat, afhankelijk van de moeilijkheidsgraad van het opgeslagen bestand.