Uniek voor de Wii, vertelt dit deel van Prince of Persia: The Forgotten Sands een nieuw hoofdstuk in de avonturen van de titelprins.
Dit verhaal begint met een kleine marktplaats, waar de prins een kleine fee-achtige geest, Zhara, voor een belachelijke prijs verwerft. Zijn wensen zijn voorspelbaar: een eigen koninkrijk om zijn waarde aan zijn vader te bewijzen, en een prinses om mee te trouwen. Zhara begeleidt de prins naar het verloren koninkrijk Izdihar, waar het niet lang duurt voordat de prins het verraad beseft: Izdihar ligt in puin, is overwoekerd door gemuteerde vegetatie en alle inwoners zijn gecorrumpeerd door een meesterplant die bekendstaat als de Haoma. Zhara stelt dat de prins zijn waarde zal moeten bewijzen om zijn koninkrijk te verdienen.
In Prince of Persia: The Forgotten Sands bestuurt de speler de prins terwijl hij over muren rent, klimt, vijanden bevecht, magische krachten gebruikt en over het algemeen zijn weg baant langs obstakels en vallen. Hij wordt vergezeld door de genie Zhara, een feeërieke djinn die door een tweede speler bestuurd kan worden. Zhara helpt de Prins in zijn avonturen, geeft advies, raadsels en geschiedenislessen over het koninkrijk Izdihar. Als hij bestuurd wordt door een speler, kan de genie vijanden in gevechten bevriezen, vallen vertragen en magie gebruiken om de Prins te helpen met zijn acrobatiek. Niet-speelbare personages zijn onder andere mensen uit het koninkrijk Izdihar. Een corrupte koning, zijn dochter Nasreen en meerdere handlangers die ooit mens waren, maar nu maskers dragen in een nutteloze poging om hun mutaties veroorzaakt door de kwaadaardige plant Haoma te verbergen.
De game maakt op allerlei manieren uitgebreid gebruik van de Wii-bewegingsbesturing. Bewegen gebeurt over het algemeen met de thumbstick op de Nunchuk, met opties om te rollen, springen en magische krachten te gebruiken op de Wiimote. De aanwijsmogelijkheid van de Wiimote wordt ook gebruikt om puzzels op te lossen, gameplay-elementen te activeren en vijanden aan te vallen. Tijdens gevechten worden de bewegingsgevoelige mogelijkheden van de Wiimote en Nunchuk benut. Met eenvoudige armgebaren kan de Prins allerlei aanvallen uitvoeren.