Het Paddenstoelenrijk is binnengevallen door de Koopa, een stam schildpadden die zwarte magie bezitten. Hun koning Bowser heeft alle inwoners getransformeerd in stenen, bakstenen en paddenstoelen; hij heeft ook Prinses Toadstool gevangengenomen. Zij is de enige die de kwade spreuk kan verbreken. Gevangen in een kasteel diep in Bowsers nieuw gevonden koninkrijk, hoort Mario, een nederige loodgieter, van de tragedie en gaat op pad om haar te bevrijden.
Ren, spring en gooi vuurballen om de kwaadaardige Bowser en zijn handlangers te verslaan.
De game bevat een remake van de originele game uit 1985, een uitdagingsmodus en een versus-gameoptie. Ook inbegrepen zijn platen, een album en een speelgoeddoos. The Lost Levels is ook inbegrepen, maar moet eerst worden ontgrendeld.