The Legend of Zelda arriveert op de Nintendo DS met The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Deze game begint waar de Wind Waker voor de GameCube eindigde. Link, zijn vriend Tetra en haar bende piraten varen over onontdekte zeeën wanneer ze een spookschip tegenkomen. Wanneer Tetra het schip wil verkennen, verdwijnt ze en Link, die haar achterna gaat, valt in zee en strandt op een onbekend eiland.
Hoewel de game trouw blijft aan de traditionele Legend of Zelda-formule, zijn de besturingen drastisch anders dan bij andere Zelda-titels. Deze keer gebruik je alleen het touchscreen om Link te laten bewegen en aanvallen in plaats van knoppen. Je zwaard zwaaien doe je bijvoorbeeld met een korte lijn horizontaal of verticaal voor Link, of door op een specifieke vijand te tikken. Link kan een salto maken door de speler een kleine cirkel op de rand van het scherm te laten tekenen terwijl hij rent. De boemerang kan in een specifiek pad worden gegooid door de exacte route op het touchscreen te tekenen.
Je kunt het touchscreen ook gebruiken om geheime schatten en items op de kaart te noteren door ze gewoon op te schrijven. Zeilen over de zee doe je ook door simpelweg de route op de kaart te tekenen. Terwijl de route wordt afgelegd, kan de speler het scherm ronddraaien om uit te kijken naar vijanden en andere obstakels. De route van het schip kan ook worden gewijzigd tijdens het varen als iets anders de aandacht van de speler trekt. Later kan de speler zelfs gaan vissen in de zee, waarbij hij de stylus gebruikt om de hengel over te halen en zijn vangst binnen te halen.
Het spel wordt gepresenteerd in dezelfde cel-shaded stijl als de Wind Waker, maar het wordt weergegeven vanuit een klassiek top-down perspectief.