Tijdens een festival met prinses Zelda ontmoet Link een mysterieuze magiër, Vaati genaamd, die de prinses in steen verandert. Link kan ze niet tegenhouden en de koning vraagt Link om een ras van kleine mensen te ontmoeten, de Minish, die hem misschien kunnen helpen met hun benarde situatie. Tijdens zijn reizen werkt Link samen met een pratende pet genaamd Ezlo, die Link kan laten krimpen tot de grootte van een Minish, zodat hij ze kan ontmoeten. Met zijn nieuwe vaardigheden moet Link het koninkrijk redden van Vaati’s bedreiging.
The Legend of Zelda: The Minish Cap is een top-down actie-avonturenspel dat de oorsprong van de kwaadaardige Vaati uit Four Swords vertelt. Spelers nemen de rol van Link aan en veroveren verschillende kerkers om essentiële hulpmiddelen te bemachtigen om vijanden te bestrijden en door verschillende obstakels te komen. Items zoals de Mole Mitts stellen Link in staat om door aarde te graven, terwijl de Gust Jar kan worden gebruikt om vijanden, items op te zuigen en Link voort te stuwen. Link kan ook krimpen tot de grootte van een Minish met behulp van Ezlo, de pratende pet.
De Minish Cap gebruikt de gameplay-mechanica van krimpen om bekend gebied nieuw en anders te maken. Plassen worden enorme rivieren, kuikentjes zijn enorme monsters en gewone vijanden worden dodelijke bazen op Minish-formaat. Link kan ook items genaamd “Kinstones” ruilen met mensen in het spel – wanneer twee stukken van dezelfde Kinstone worden samengevoegd, openen zich nieuwe gebieden, verschijnen er schatkisten en soms worden er zelfs nuttige beloningen aan Link gegeven.