Tijdens een ritje in zijn dubbeldekker, slaat de motor af en stort Wario neer in het bos. Hier vindt hij een verborgen grot met een magische muziekdoos. Voordat hij “Ik haat Mario” kan zeggen, trekt de doos hem naar binnen en in een kamer met een duister figuur, die een deal met hem sluit. Vind alle ontbrekende muziekdozen en hij kan vertrekken. En elke schat die hij vindt, mag hij houden.
Net als Wario Land 2 kan Wario niet sterven door aanvallen van de vijand. Hij kan echter van vorm veranderen na bepaalde aanvallen, wat zijn voortgang in elk level kan helpen of stoppen. Nieuwe vormen van Wario zijn Invisible Wario en Ball of Yarn Wario (een oncontroleerbare bol garen, met Wario erin).
Ook worden basisaanvallen zoals zwemmen en de butt stomp pas beschikbaar voor Wario nadat je een bepaald aantal levels hebt voltooid, wat betekent dat je terug moet naar voltooide levels om toegang te krijgen tot andere gebieden vol buit.