Wario, Mario’s hebzuchtige rivaal uit Super Mario Land 2: 6 Golden Coins, is vastbeslotener dan ooit om een kasteel te bemachtigen nadat hij uit Mario’s kasteel is getrapt. Hij heeft gehoord dat de piraten van Kitchen Island een gouden standbeeld van Princess Toadstool hebben dat een koningslosgeld waard is! Wario denkt dat als hij het standbeeld van de prinses voor zichzelf steelt, evenals alle andere buit die de piraten hebben verzameld, hij meer dan genoeg geld zal hebben voor een kasteel dat nog groter en beter is dan dat van Mario!
Wario Land: Super Mario Land 3 verschilt van eerdere games in de serie doordat je de brute en hebzuchtige Wario bestuurt. Zelfs als hij klein is, kan Wario de meeste stenen met een klap kapotmaken en sommige vijanden zijn zo zwak voor hem dat ze gewoon opzij worden geduwd! Wario heeft een body slam-aanval die hij kan gebruiken om vijanden te vernietigen, en hij kan ze ook oppakken en naar zijn vijanden gooien. Alsof dat nog niet genoeg is, zijn er drie verschillende power-ups die Wario kan vinden. Met de Bull Hat kan hij in één klap door stenen heen ploegen, zijn hoorns in het plafond rammen om ze vast te houden en met zijn kont stampen om alle vijanden te verdoven. Met de Jet Hat kan hij een korte tijd horizontaal vliegen en zijn spronghoogte en snelheid vergroten. Tot slot kan hij met de Dragon Hat een lange vuurstraal uitademen voor een korte tijd.
Om Wario’s hebzuchtige aard te bevredigen, draait het spel om geld. In de levels kun je munten verdienen door ze in de lucht te grijpen, ze uit stenen te slaan of door vijanden met hun lichaam te slaan en vervolgens de munten te verzamelen die ze laten vallen. Je kunt ook verborgen schatten vinden die diep in sommige levels begraven liggen door een sleutel te vinden en deze vervolgens naar de schedeldeur te gooien om deze te ontgrendelen. Zodra Wario het einde van een level bereikt, moet hij meestal tol betalen om de deur aan het einde van het level te openen. Als je op Omhoog drukt op het Control Pad en B, trek je een munt ter waarde van 10 munten, die je naar de deur moet gooien. Zodra de deur opengaat, kun je naar buiten en is het level voltooid. Voordat je elk level voltooit, kun je ervoor kiezen om een minigame te spelen die het aantal munten dat je hebt verdubbelt of halveert, met een kans van 50/50. Je krijgt drie pogingen en kunt ervoor kiezen om te vertrekken wanneer je maar wilt… dus wees niet te hebberig!