Nadat het hem niet lukte om de Mario Bros. te ontvoeren in het originele Yoshi’s Island, heeft Kamek de Magikoopa besloten om zijn doelen hoger te stellen. In plaats van alleen de beroemde broers te ontvoeren, heeft hij een leger van zijn lakeien eropuit gestuurd om kinderen over de hele wereld te ontvoeren! Gelukkig weet Mario te ontkomen en belandt hij opnieuw in de handen van de Yoshi’s. Het is aan de Yoshi’s om Mario over Yoshi’s Island te dragen en Luigi en de andere baby’s te redden.
Yoshi’s Island DS is een vervolg op de SNES-game, Yoshi’s Island. Hierin besturen spelers Yoshi terwijl hij naar Kamek’s kasteel reist om Luigi te redden. Yoshi kan Baby Mario, Peach, DK, Wario of Bowser op zijn rug dragen – afhankelijk van de baby die hij draagt, krijgt Yoshi een speciale vaardigheid; Mario laat Yoshi bijvoorbeeld rennen, Peach laat Yoshi langer zweven en Wario haalt een gigantische magneet tevoorschijn om munten en andere metalen voorwerpen aan te trekken. Als Yoshi door een vijand wordt geraakt, verschijnt er een teller die langzaam aftelt naar nul. Als de teller op nul staat, wordt de baby ontvoerd en verliest Yoshi een leven. Yoshi kan zijn teller verhogen door sterren te verzamelen die beloningen zijn voor sommige puzzels en door bepaalde vijanden te verslaan.
Een andere functie van Yoshi’s Island DS is de mogelijkheid om eieren te gooien om vijanden te verslaan. Yoshi kan bijna elke vijand opeten – als je op het bedieningspaneel drukt terwijl Yoshi een vijand in zijn mond houdt, verandert hij deze in een ei. Yoshi kan zijn eieren naar vijanden en objecten gooien, zoals bepaalde muren, om ze te vernietigen. Je kunt zelfs munten en andere verzamelobjecten oppakken door een ei naar ze te gooien. Tot slot kan Yoshi eieren van muren af laten ketsen om dingen te raken die hij anders niet zou kunnen bereiken.
Hoewel het doel van elk level is om simpelweg het einde te bereiken, zullen fervente gamers proberen om 100% te halen voor elk level. Om dit te doen, moeten ze het einde van elk level bereiken met dertig sterren, de twintig rode munten vinden die tussen de normale munten verborgen zitten en de vijf bloemen in elk level verzamelen. Er is ook een speciale “Character Coin” in elk level verborgen – deze hebben een afbeelding van een bepaalde baby erop en kunnen alleen worden verzameld als Yoshi die baby op zijn rug heeft.