Yu-Gi-Oh en zijn vrienden zijn hier voor een toernooi georganiseerd door Kaiba Corporation. Je moet 6 locater-kaarten verkrijgen om mee te kunnen doen aan het toernooi. Om deze kaarten te verkrijgen, moet je vechten tegen verschillende mensen in de stad. Terwijl je vecht tegen de duellisten, heb je de mogelijkheid om nieuwe kaarten te krijgen (als je wint), of kaarten te verliezen (als je verliest). Er is ook een kaartenwinkel als je kaarten wilt kopen in plaats van alleen te gebruiken wat je krijgt van antes.
De gevechten worden gespeeld zoals in het ruilkaartspel. Je gebruikt de effecten en sterktes van je kaarten om de kaarten van de andere spelers te verslaan. Door hun levenspunten naar 0 te verlagen, versla je ze.
Een feature in dit spel is je duelist level. Kaarten hebben bepaalde levels. Als je duelist level onder dat getal ligt, kun je die kaart niet in je deck hebben. Dit is een nieuwe feature die we niet in eerdere games zagen. Deze feature voorkomt dat je zomaar alle beste kaarten aan het begin koopt en het de rest van het spel makkelijk hebt. Door duels te winnen, zul je snel genoeg in level stijgen om een aantal van de betere kaarten te kunnen gebruiken, hoewel het nog steeds enige tijd zal duren om de beste kaarten te kunnen gebruiken.
Kun jij meedoen aan het toernooi en de 3 Egyptische Godenkaarten winnen? Yu-Gi-Oh en zijn vrienden proberen ook mee te doen aan het toernooi. Je zult ze dus moeten verslaan in het toernooi om alles te winnen. Het spel bevat meer dan 900 kaarten en meer dan 100 duellisten.